巢湖的湖底淤泥中氮、磷等长期积聚沉淀，是造成巢湖內源污染的主要原因之一。疏挖污染底泥，已成为提高巢湖水质、恢复巢湖生态的有效途径之一。2000年，巢湖污染底泥疏挖及处置工程被正式列入国务院“三河、三湖”水污染治理重点国债项目后，至今已经累计投入近2.7亿元，成功实施1期、2期、3期清淤工程，使东半湖水质得到了有效改善。

　　即将实施的第4期清淤工程除了清理湖底淤泥，同时进行沿线生态修复、建设湿地、底泥吹填造田等生态工程，从烔炀河口一直清淤到中庙，总长24公里，相当于前3期工程的总长度，疏浚面积754.45万平米，疏浚工程量411.86万立方，将形成湿地堆场面积278.39万平米，建造围埝长度24.02公里。

　　据悉，4期工程总投资约7600万元，此前已获中央流域治理补助资金630万元支持，另外申请国家开行贷款5800万元。第4期清淤工程实施后，巢湖北岸40公里环湖岸线将实现全线清淤。